neurolib 项目教程

1. 项目目录结构及介绍

neurolib 项目的目录结构如下：

neurolib/
├── models/           # 神经质量模型
│   ├── model.py      # 基础模型类
│   └── /             # 实现的神经质量模型
├── optimize/         # 优化子模块
│   ├── evolution/    # 进化优化
│   └── exploration/  # 参数探索
├── control/          # 控制子模块
│   ├── optimal_control/ # 最优控制子模块
│   ├── oc.py         # 最优控制基础类
│   ├── cost_functions.py # 最优控制的成本函数
│   └── /             # 实现的最优控制模型
├── data/             # 实证数据集（结构性和功能性）
├── utils/            # 工具包
│   ├── atlases.py    # 脑图谱（区域名称、坐标）
│   ├── collections.py # 自定义数据类型
│   ├── functions.py  # 有用的函数
│   ├── loadData.py   # 数据集加载器
│   ├── parameterSpace.py # 参数空间
│   ├── saver.py      # 保存模拟输出
│   ├── signal.py     # 信号处理函数
│   └── stimulus.py   # 刺激构建
├── examples/         # 示例 Jupyter 笔记本
├── docs/             # 文档
└── tests/            # 自动化测试

目录结构介绍

• models/: 包含神经质量模型的实现，其中 model.py 是基础模型类，其他文件是具体的神经质量模型实现。
• optimize/: 包含优化相关的子模块，如进化优化和参数探索。
• control/: 包含控制相关的子模块，特别是最优控制子模块。
• data/: 包含实证数据集，用于结构性和功能性数据的加载和处理。
• utils/: 包含各种实用工具，如脑图谱、数据加载器、参数空间管理等。
• examples/: 包含示例 Jupyter 笔记本，展示如何使用 neurolib 进行各种模拟和分析。
• docs/: 包含项目的文档。
• tests/: 包含自动化测试脚本，确保代码的正确性和稳定性。

2. 项目启动文件介绍

neurolib 项目的启动文件主要是 setup.py，它负责项目的安装和配置。以下是 setup.py 的主要内容：

from setuptools import setup, find_packages

setup(
    name='neurolib',
    version='0.1.0',
    packages=find_packages(),
    install_requires=[
        # 依赖项列表
    ],
    entry_points={
        'console_scripts': [
            'neurolib=neurolib.main:main',
        ],
    },
)

启动文件介绍

• name: 项目的名称。
• version: 项目的版本号。
• packages: 使用 find_packages() 自动查找并包含所有子包。
• install_requires: 列出项目依赖的其他 Python 包。
• entry_points: 定义命令行脚本入口，neurolib=neurolib.main:main 表示通过 neurolib 命令启动项目的主函数。

3. 项目配置文件介绍

neurolib 项目的配置文件主要是 requirements.txt，它列出了项目运行所需的所有依赖包。以下是 requirements.txt 的示例内容：

numpy==1.19.5
scipy==1.5.4
matplotlib==3.3.4
pandas==1.1.5

配置文件介绍

• requirements.txt: 列出项目运行所需的所有依赖包及其版本号。通过 pip install -r requirements.txt 命令可以一次性安装所有依赖。

通过以上内容，您可以了解 neurolib 项目的目录结构、启动文件和配置文件的基本信息，从而更好地理解和使用该项目。